Ông được vua cha tức Lê Hy Tông truyền ngôi vào tháng 4 năm Ất Dậu (1705) dưới tác động của chúa Trịnh và lấy niên hiệu là Vĩnh Thịnh. Đến năm 1720, nhà vua đổi niên hiệu thành Bảo Thái.

Sách Lịch triều tạp kỷ ghi nhận rất tốt đẹp về triều đại Lê Dụ Tông, mà thực chất là lời khen dành cho Trịnh Cương – người lãnh đạo thực tế của Đại Việt khi đó: Bấy giờ thừa hưởng cơ nghiệp thái bình, không xảy binh đao, trong nước vô sự, triều đình có làm được nhiều việc. Pháp độ được rất đầy đủ, kỷ cương thi hành được hết. Xứ xa lạ thì dâng lễ vật tỏ lòng thành, thượng quốc (Trung Quốc) thì trả lại đất. Có thể gọi là đường cực thịnh. Nhà vua rủ tay áo, ngồi ở trên, không phải khó nhọc mà mọi việc đâu ra đấy. Khi nói đến cuộc thịnh trị ở thời bấy giờ người ta tất phải kể đến đời vua này. [1]

Năm 1718, sứ Nhà Thanh sang Đại Việt phong cho nhà vua làm An Nam quốc vương. Do sự tranh nghị của triều đình, các quan Nhà Thanh cho phép nhà vua hành lễ tam khấu ngũ vái thay vì tam quỳ cửu khấu trước chiếu chỉ vua Thanh. Năm 1724, Dụ Tông bị bệnh đau chân, Chúa Trịnh Cương thay quyền ông làm lễ tế Nam giao.

Năm 1727, Trịnh Cương bức Lê Dụ Tông phế bỏ Trưởng hoàng tử Duy Tường, lập con trai của chính cung Trịnh thị[2] là Duy Phường làm Hoàng thái tử. Từ đó, Dụ Tông cảm thấy oán hận. Theo bản tấu của Bùi Sĩ Tiêm gửi lên chúa Trịnh Giang thì:

Ngày 20 tháng 4 nǎm Kỷ Dậu (1729), ông bị An Đô vương Trịnh Cương ép nhường ngôi cho Thái tử Lê Duy Phường (sau bị phế làm Hôn Đức công) rồi ra ở cung Kiền Thọ, xưng là Thuận Thiên thừa vận Hoàng thượng. Cương mục cho biết rằng, từ khi bị ra ở điện Kiền Thọ, Thượng hoàng u uất, không vui. Đến tháng Giêng nǎm Tân Hợi (1731) thì ông qua đời, Hưởng Dương 53 Tuổi, truy tôn là Hòa Hoàng đế, miếu hiệu Dụ Tông.Người con thứ của ông là Lê Duy Mật sau này khởi nghĩa chống lại họ Trịnh hơn 30 năm.